自堕落におれば涼しき二階かな

♪ImageJによる深度合成手順［updated on Nov.22,2010］

ImageJによる深度合成の準備と手順の私的な備忘です。



まずはおおまかな＜手順＞をば・・・・

　【１】準備した画像を［ImageJ］ですべて開く

　【２】：スタック作成
　　　　　　［Image］→［Stacks］→［Image to Stack］して、
　　　　　　［save as］で別名保存

　【３】：位置ズレの修正
　　　　　　［Plugins］→［stackreg］→［Stackreg］を指定
　　　　　　“Affine”を選択して実行
　　　　　［save as］で別名保存（tiff）

　【４】　4a　または　4b　どちらかを選択

　　　　↓

　　　【4a】：深度合成作業　その１
　　　　　　　［Plugins］→［StackFocuser］
　　　　　　　　optionの小窓でパラメータを指定
　　　　　　　（デフォルトが11なので当面そのまま）

　　　【4b】：深度合成作業　その２
　　　［Plugins］→［Extended Depth of Field］
　　　　　　　　2つのモードから適当に選択して実行

　以上おおまかな手順。操作はこれで多分だいじょび。。。。



　準備と少し詳しい手順などを以下に記す（などと偉そうじゃん）・・・・・・


参考サイト
http://www.frontier.kyoto-u.ac.jp/rc03/index-j.html
京都大学瀬原研究室
　　▼
http://www.frontier.kyoto-u.ac.jp/rc03/omake/focused.html
ImageJを用いた多焦点画像制作
とにかく親切。手取り足取りオンブにダッコとまでは言わないまでも、
必要なサイトとリンク等はすべて整っていて、実際のサンプル画像と
作業画面もキャプチャされているので（リンク先はすべて英文だが）
なんとかなってしまう、というありがたさ。

・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・

ImageJのDLとインストール
http://rsb.info.nih.gov/ij/
　　▼
http://rsb.info.nih.gov/ij/download.html
使用環境に合わせてダウンロード

　＜ImegeJダウンロードページ＞
　　　　　▽

Windows、Linux、MacOSX用が個別に準備されていて、しかもそれぞれに
32bit、64bit版があるというfreewareとは思えない超親切対応なので、
自分の環境にあったものをDLしてインストール。オープンソースの素晴
らしさを実感。

多焦点画像作成（以下深度合成）前に以下の4つのプラグインを準備！

http://bigwww.epfl.ch/thevenaz/turboreg/

http://bigwww.epfl.ch/thevenaz/stackreg/

http://rsb.info.nih.gov/ij/plugins/stack-focuser.html

http://bigwww.epfl.ch/demo/edf/


　＜Turboregのダウンロードページ＞
　　　　　▽


pluginのインストールは、解凍したらフォルダごと、またはファイルを
そのままImageJの「plugins」というフォルダに置くだけ


・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・

以下備忘として実作業の流れφ(._.)メモ
（Mac雪豹で64bit版を使用）

＜合成作業をする元ファイルの作成＞

１）複数枚の画像を準備し［ImageJ］ですべて開く
　　　→　Open Nextは使えない。Openで一枚ずつ開くか、
　　　　　全部摘んでImageJのアイコンにD&D

２）［Image］
　　　　▽
　　［Stacks］
　　　　▽
　　［Image to Stack］で、スタックを作成したら

３）save as で、保存（tif指定）終了

　　・・・開いているファイルを閉じるだけで大丈夫だが、、、
　　　　　トラブル時最初からの作業を避ける意味で、念のため
　　　　　終わらせている

＜位置のズレ補正作業＞

４）［Image J］を起動し、保存したtifを開く

５）［Plugins］
　　　　▽
　　［stackreg］
　　　　▽
　　［Stackreg］
　　　　▽
　　処理方法を選択する小窓が開くので
　　　“Affine”を選択して実行

６）完了したらまた別名保存（tif）して終了

＜深度合成作業＞

７）［Image J］を起動し、位置修正したtifを開く
　　→　８-a：、または　８-b：のどちらかを実行

８）
　・８-a：［Plugins］
　　　　　　　▽
　　　　　［StackFocuser］
　　　　　　　▽
　　　　optionの小窓でパラメータを指定
　　　　（デフォルトが11だったのでそのまま実行してみた）
　　もしくは
　・８-b：［Plugins］
　　　　　　▽
　　　　　［Extended Depth of Field］
　　　　　　　▽
　　　　　2つのモードから適当に選択して実行

９）８）の作業でできたファイルを別名保存
　　→　劣化の無いフォーマットが良さそう

10）出来たファイルをフォトショップなどで開き
　　微修正とサイズ変更して保存

★注意
　　・撮影時の露光のずれに注意
　　・スピードライト使用時2枚目以降充電完了を確認してレリーズ
　　・ホワイトバランス確認（RAWなら修正簡単だとしてもね）
　　・元画像の品位は確保したいので、D700でもISOは800くらいまでに
　　　抑える方が吉
　　・やたら枚数を増やしたり、やたら絞り込むのも駄目（多分）

★課題（接写のように被写体の倍率が変わってしまうもの）
　　三脚固定でピントをずらして写真を撮っていく作業は、撮影倍率が
　　微妙に異なるため、位置修正だけでは駄目で、ある程度の後加工は
　　覚悟している。手作業で数枚の画像を合体させたことを思えば、軽
　　い軽い。。。。

　　回避するにはカメラのピントを固定し、被写体かカメラそのものを
　　光軸上で微移動させて撮らなければならない、微動対応の顕微鏡の
　　ステージに被写体を載せるか、ラックピニオン等で微動させられる
　　台にカメラを固定する必要があるが、しがない貧乏アマチュアには
　　無理な話だし、そうしても最小限の加工は必要な気がする。

　　なので、現状はフォトショップなどで後加工することとし、前者を
　　採用せざるを得ないのでＲ。

　　がしかし、旧直進型ヘリコイドぐりぐりレンズの前側に、何らかの
　　方法で被写体（軽いからね）を固定してあげれば軸上微動は可能だ
　　と思っているので、そのうち試してみたい。


以上

2010/11/22 (Mon.) Comment(4) 写真：画像調整・現像